Study | Sample | Dataset GSE number | Country | Classes | Number | HIV status | Case definition | Independent test setc | Validation setd | Evaluation of accuracy | Signature size | ||||
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Prior TB treatmenta | TB location | Microbiologically provenb | TST | IGRA | |||||||||||
Maertzdorf et al., 2015 [62] | WB | 74092 | India | TB | 113 | – | 0 | P | Y | Y | Y | Y | TB vs. LTB/HV 4 | ||
LTBI | 56 | +/– | +/– | ||||||||||||
HC | 20 | – | |||||||||||||
Walter et al., 2015 [61] | WB | 73408 | USA | TB | 109 | – | P | Y | Y | Y | Y | ||||
LTBI | + | ||||||||||||||
Pneumonia | – | ||||||||||||||
Anderson et al., 2014 [60] | WB | 39941 | South Africa, Malawi, Kenya | CCTB | 95 | – | P, EP | Y | Y | Y | Y | TB vs. LTBI 42 TB vs. OD 51 | |||
CNTB | 27 | – | P, EP | U | |||||||||||
LTBI | 68 | – | + | + | |||||||||||
OD | 140 | – | – | ||||||||||||
CCTB | 51 | + | P, EP | Y | |||||||||||
CNTB | 17 | + | P, EP | U | |||||||||||
LTBI | 0 | + | + | + | |||||||||||
OD | 93 | + | – | ||||||||||||
Cai et al., 2014 [58] | PBMC | 54992 | China | TB | 173 | 0 | P | Y | Y | N | Y | TB vs. HV 1, TB vs. LTBI 1 | |||
LTBI | 148 | + | |||||||||||||
HC | 51 | – | |||||||||||||
Dawany et al., 2014 [63] | PBMC | 50834 | South Africa | TB | 21 | + | Y | P | Y | N | Y | Y | HIV vs. HIV/TB 251 | ||
HC | 22 | + | |||||||||||||
Kaforou et al., 2013 [59] | WB | 37250 | South Africa, Malawi | TB | 97 | – | <1d | P, EP | Y | Y | Y | Y | TB vs. LTBI 27, TB vs. OD 44 | ||
LTBI | 83 | – | + | + | |||||||||||
OD | 83 | – | +/– | ||||||||||||
TB | 97 | + | <1d | P, EP | Y | ||||||||||
LTBI | 84 | + | + | + | |||||||||||
OD | 92 | + | +/– | ||||||||||||
Bloom et al., 2013 [48] | WB | 42834 | UK & France | TB | 35 | – | 0 | P | Y | Y | Y | Y | TB vs. OD 144 | ||
Sarcoid | 61 | – | |||||||||||||
Pneumonia | 14 | – | |||||||||||||
Lung cancer | 16 | – | |||||||||||||
HC | 113 | – | – | ||||||||||||
Verhagen et al., 2013 [98] | WB | 41055 | Venezuela | TB | 9 | – | 0 | P | + | + | N | Y | Y | TB vs. LTBI 5 | |
LTBI | 29 | – | + | + | |||||||||||
HC | 25 | – | – | – | |||||||||||
Pneumonia | 18 | – | |||||||||||||
Cliff et al., 2012 [54] | WB | 3134836238 | South Africa | TB | 27 | – | 0, 1/4/26 w | P | Y | Y | Y | Y | Treatment 62 | ||
Maertzdorf et al., 2012 [51] | WB | 34608 | Germany | TB | 8 | – | 0 | P | U | N | N | Y | |||
LTBI | 4 | – | + | ||||||||||||
HC | 14 | – | – | ||||||||||||
Sarcoid | 18 | – | |||||||||||||
Ottenhof et al., 2012 [52] | PBMC | 56153 | Indonesia | TB | 23 | – | 0, 8w, 28w | P | Y | N | N | N | |||
HC | 23 | ||||||||||||||
Bloom et al., 2012 [55] | WB | 40553 | South Africa, UK | TB | 37 | – | 0, 2w, 2 m, 6 m, 12 m | P | Y | Y | Y | N | TB vs. LTBI 664 treatment 320 | ||
LTBI | 38 | – | + | ||||||||||||
Lesho et al., 2011 [99] | PBMC | N/A | USA | TB | 5 | – | P | Y | + | N | N | Y | TB vs. LTBI vs. BCG vacc vs. HC 127 | ||
LTBI | 6 | – | + | ||||||||||||
BCG vacc | 5 | – | |||||||||||||
HC | 7 | – | – | ||||||||||||
Maertzdorf et al., 2011 [56] | WB | 25534 | South Africa | TB | 33 | – | 0 | P | Y | N | N | Y | TB vs. LTBI 5 | ||
LTBI | 34 | – | |||||||||||||
HC | 9 | – | |||||||||||||
Maertzdorf et al., 2011 [50] | WB | 28623 | The Gambia | TB | 46 | – | 0 | P | Y | N | N | N | |||
LTBI | 25 | – | + | ||||||||||||
HC | 37 | – | 0 | ||||||||||||
Lu et al., 2011 [100] | PBMC | 27984 | China | TB | 46 | – | <4w | P | Y | Y | Y | Y | TB vs. LTBI 3 | ||
LTBI | 59 | – | + | ||||||||||||
HC | 26 | – | – | ||||||||||||
Berry et al., 2010 [57] | WB | 19491194441944319442194391943522098 | UK, South Africa | PTB | 54 | 0 | P | Y | Y | Y | Y | TB vs. health 393 TB vs. OD 86 | |||
LTBI | 69 | + | + | ||||||||||||
HC | 24 | – | – | ||||||||||||
OD | 96 | ||||||||||||||
Stern et al., 2009 [53] | PBMC | N/A | Colombia | TB | 1 | P | Y | + | N | N | N | ||||
LTBI | 1 | + | |||||||||||||
HC | 1 | – | |||||||||||||
Jacobsen et al., 2007 [101] | PBMC | 6112 | Germany | TB | 37 | – | Y | P, EP | Y | + | N | Y | N | TB vs. LTBI vs. HC 3 | |
LTBI | 22 | + | |||||||||||||
HC | 15 | – | |||||||||||||
Mistry et al., 2007 [47] | WB | N/A | South Africa | TB | 10 | – | 0 | Y | N | N | Y | TB vs. cured vs. LTBI vs. recurrent 9 | |||
Cured TB | 10 | – | |||||||||||||
LTBI | 10 | – | + | ||||||||||||
Rec TB | 10 | – |